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"Siempre soltando al viento las amarras, encabritando el entusiasmo del poncho negro y la guitarra"

El año 2001 comienza a hacer notoria la crisis interna que vive el conjunto, producto de diferencias respecto a la dirección del conjunto. Esto motiva el alejamiento temporal de Guillermo García, quien tras esto inicia su trabajo solista. En su reemplazo, el conjunto incluye la presencia esporádica de Mario Contreras y más tarde, en forma definitiva a Alvaro Pinto. El conjunto en tanto no realiza actividad de interes.

Durante el año 2002, Rodolfo Parada firma con el sello PICAP, con lo cual relanzan gran parte de su discografía en España. Esto, junto con el lanzamiento en Francia, bajo DOM, de "Al Horizonte", ha permitido que Quilapayún retornara a los escenarios europeos durante el 2002, con en Francia y España. En Septiembre se presentan en Francia, en Ville de Cergy, y en España, en el Teatro Gayarre de Pamplona, en Noviembre. Ese mismo mes, pero en Chile, Eduardo Carrasco y Ricardo Venegas, integrantes históricos del conjunto, realizan una sencilla pero emotiva ceremonia en el Cementerio General, recordando los 11 años del fallecimiento de Willy Oddó.

Hacia fines de año la crisis del conjunto se vuelve insostenible, y como resultado de ella se separan de la dirección de Parada Hugo Lagos y Hernán Gómez, integrantes fundamentales de Quilapayún con más de 30 años de permanencia cada uno.

El año 2003 comenzó con un concierto en el Palau de la Múscia Catalana , de Barcelona, para lo cual se integran de emergencia al conjunto Marcelo Veliz y Cristián Goza. Con esta nueva formación, la agrupación dirigida por Parada, continua desarrollando presentaciones en Madrid, México e Israel.

Por su parte, los antiguos integrantes se reagrupan en torno a la figura de Eduardo Carrasco, quien refunda el Quilapayún, e inicia una campaña para colectivizar la marca que había sido registrada por Rodolfo Parada a titulo personal en 1998. Como resultado se tienen dos conjuntos paralelos. El radicado en Francia, dirigido por Rodolfo Parada, y el refundado desde Chile, dirigido por Carrasco, y que integra en sus filas a Guillermo García, Hernán Gómez, Hugo Lagos, Rubén Escudero, Ricardo Venegas, Carlos Quezada e Ismael Oddó (hijo de Willy Oddó). Ambas facciones inician acciones legales, en Chile y Europa para mantener los derechos sobre la marca. Entre tanto, ambos grupos programan presentaciones en Chile y el extranjero, lo que dará como resultado, la existencia de dos conjuntos actuando bajo el mismo nombre, en distintos escenarios del orbe.

Las posiciones y argumentos de ambas facciones, pueden entenderse leyendo los comunicados que cada postura ha hecho llegar a a la opinión pública. En Junio de 2003, desde París se emite un primer comunicado desvirtuando la reagrupación liderada por Carrasco. La respuesta de la otra facción es emitida en Julio del mismo año. Finalmente, en Septiembre es emitido un segundo comunicado desde París, bajo el titulo de "Elementos de Juicio".

Durante el mes de Agosto, el sello PICAP edita un CD doble, que reune los mejores momentos de la presentación del Quilapayún liderado por Rodolfo Parada en el Palau de Barcelona. También se anuncia la edición en DVD de este recital. En Chile, ese CD será editado con baja repercusión en Noviembre del mismo año, bajo sello EMI.

Durante el mes de Septiembre se produce el reencuentro en el escenario del Quilapayún, liderado por Eduardo Carrasco. Primero con su participación en el Homenaje a Allende en el Estadio Nacional de Chile, y posteriormente con los conciertos ofrecidos en Talcahuano, Teatro Teletón de Santiago y la Quinta Región. A estos conciertos, les siguieron presentaciones en Inglaterra, Francia y posteriormente, en Noviembre, en el multitudinario festival "Todas las Voces, todas" desarrollado en Ecuador. Por su parte, la facción gala reduce notablemente sus presentaciones hacia finales de año, presentándose en el Zócalo de Ciudad de México, en un homenaje a Allende, y en Octubre en Madrid, compartiendo escenario con Ana Belén.

En Enero de 2004, finalmente es editado en España el DVD "A Palau", que contiene los mejores momentos de la presentación de la facción francesa, un año atrás, en el Palau de la Música de Barcelona. en Chile, este trabajo no puede ser editado debido al conflicto por la marca. Por otro lado, durante Enero y Febrero, la facción chilena de Quilapayún realiza varios conciertos en en Bélgica y Francia.

En Abril se conoce el Fallo del Departamento de Propiedad Intelectual, el cual rechaza la solicitud de registro por parte de Rodolfo Parada, dando con ello la razón a los querellantes (Carrasco, García, Gómez, Lagos, Venegas, Escudero, Quezada, sucesión Oddó).

Durante Junio y Julio ambas agrupaciones se mantienen activas. Mientras Parada y su facción realizan presentaciones ocasionales en algunos puntos de España (entre ellos Ceutí), el Quilapayún refundado de Carrasco se sigue presentando en algunas localidades de Francia.

Es Agosto y los Quilapayún, luego de una presentación en Francia, viajan Quito, donde presentan la Cantata Santa María de Iquique. Posteriormente se unen a los Inti-Illimani Históricos (formado por Salinas, Durán, Séves y Ball, los cuales también mantienen un litigio por el uso de la marca con la formación liderada por Jorge Coulon) con quienes realizan sólidas presentaciones en Valparaíso, Buenos Aires y tres intensas jornadas en Santiago de Chile en un espectáculo denominado "INTI+QUILA".

En Agosto también es publicado el DVD y el CD doble El Reencuentro, que rescata las presentaciones que hiciera el conjunto en el Teatro Teletón en Septiembre de 2003. El DVD también incluye un documental con entrevistas y registros del reencuentro de los integrantes históricos.

En septiembre de 2004 fallece el destacado compositor Luis Advis, enlutando nuevamente al Conjunto y a toda la música popular chilena.

El año 2005 comienza con una nueva presentación de la formula Inti+Quila en el Estadio Víctor Jara de Santiago, bajo el título de El Canto de Todos, presentación que es seguida de actuaciones en el Norte y Sur del país.

El jueves 2 de Junio se emite el Fallo del Tribunal de Gran Instancia de Parísque anula el registro comercial del nombre "Quilapayún" que había realizado a titulo personal Rodolfo Parada en 1998. Inmediatamente se emiten comunicados, Rodolfo Parada y Patricio Wang desde París, como de los Quilapayún históricos desde Chile, interpretando el fallo.

En Julio es editado el CD La Vida contra la Muerte, que reúne los temas del disco inédito en Chile "Donner a l'automne un coup....", más un conjunto de temas no difundidos del conjunto.

Sin embargo, el evento más importante corresponde a la celebración de los 40 años del conjunto. Esta celebración, como es obvio se realiza sobre el escenario, con una intensa agenda que los trae de vuelta a Santiago, donde realizan dos aplaudidas presentaciones en el Teatro Providencia. Más tarde, junto a los INTI Históricos, se presentan en Perú, Ecuador, Holanda, Italia y Francia, donde actúan con llenos totales en el Teatro Le Trianon, Saint-Yorre, Mont-de-Marsan y Lemoges.

Por su parte la facción liderada por Rodolfo Parada, realiza esporádicas presentaciones en localidades de Francia e Italia, también celebrando los 40 años del conjunto.

Ha finales de año es editado el CD y DVD Música en la Memoria, que reúne los mejores momentos de los conciertos realizados a mediados de 2004 por Quilapayún e Inti-Illimani histórico.

El año 2006 comienza con presentaciones de Quilapayún en conjunto con el Teatro Aleph, montando la obra musical "Neruda, la poesía no habrá cantado en vano". Dado el éxito de esta obra, se programan nuevas presentaciones para mediados de año.

Este año también Quilapayún edita un CD compilatorio La Fuerza de la Historia que rescata temas inéditos o de escasa difusión durante la etapa del conjunto, como la Cantata Vivir como El, EL Banderon, Ramona y Quiaqueñita.

Durante el año 2007, centenario de la matanza de la escuela Santa María de Iquique, Quilapayún realizara cerca de 20 presentaciones, entre Chile, España, Canadá y Francia. Todo parte en Julio con una presentación en Domalain para luego llegar en Agosto a Chile y presentar la Cantata Santa María de Iquique junto a selectas orquestas juveniles de la zona sur del país. Las presentaciones tuvieron lugar en La Pintana, Concepción, Temuco, Talca, Viña del Mar y Santiago abarrotando el Teatro Monumental.

Paralelamente a estas presentaciones, Quilapayún edita un nuevo trabajo en estudio, "Siempre", disco que reúne 14 nuevos temas, entre los cuales se destacan A California me voy, Quita Hurpillay, Palabras de Amor y Cueca larga de la Nueva Canción Chilena, una de las últimas composiciones de Luis Advis antes de fallecer.

En Octubre realizan varias presentaciones en Francia y luego retornan a Chile, esta vez para recorrer la zona norte, pasando por Valparaíso, Copiapó, Iquique y un show especial en la comuna de San Joaquín en Santiago, ante más de 5000 personas. Junto con esto, Francia condecora a Eduardo Carrasco, nombrandole Caballero de la Orden de Artes y Letras, en una emotiva ceremonia en la embajada francesa en Santiago.

Finalmente, en noviembre, vuelven después de 20 años a Canadá y se presentan en Montreal, Kitchener y Toronto.

El año 2008 comienza con muy buenas noticias para los históricos integrantes de Quilapayún. En un Dictamen definitivo, la Quatrième Chambre de la Cour d'Appel de Paris le prohíbe a Rodolfo Parada y su agrupación, seguir actuando bajo el nombre de Quilapayún, con lo que se cierra la disputa que durante los últimos años había enturbiado la destacada carrera artística del conjunto.

En lo musical, este año resulta uno de los más agitados de la última década, con cerca de 30 presentaciones en varios continentes. Todo comienza con la gira "El Reencuentro" que los llevo a recorrer 10 escenarios franceses entre Enero y Febrero. En este último mes vuelven a visitar Suecia. Más tarde visitaran Barcelona, pero será el Reencuentro con México lo que marcara el punto más alto de la gira. Durante Julio también participarán del Festival Internacional de Palestina y viajaran a Nicaragua para participar en un acto multitudinario de celebración de la revolución sandinista.

Hacia fines de año, con motivo de la celebración del natalicio de Salvador Allende, Quilapayún participa en el multitudinario espectáculo "100 años 1000 sueños" en el Estadio Nacional de Chile y luego en Francia, junto a Inti-Illimani Histórico y Paco Ibáñez, montan el espectáculo Le Reve Existe.

El año 2009 comienza con presentaciones en Chile y España y un emotivo reencuentro con Mendoza. Además, se edita un nuevo Disco de estudio, titulado "Solistas" y se presenta con gran éxito la gira "Homenaje a Víctor Jara", el cual se edita uno de esos conciertos en CD+DVD en el año 2012 y hace ingresos durante esa misma gira el músico Fernando "huaso" Carrasco, quien formó fugazmente parte del Quila hacia los inicios de los talleres Quilapayún, durante la UP.

El conjunto realiza varias actuaciones, haciendo giras por Chile, Argentina, Colombia, Ecuador, México, Francia, España, Finlandia, Italia y Alemania. Cabe destacar la visita a Pasto, de la cual nace la inspiración para la canción "Lluvia de Pasto", un aporte en la composición de Fernando Carrasco (para el disco "Solistas" musicalizó una canción de cuna de Eduardo Carrasco) al conjunto y las giras a México, en donde el grupo realiza varias funciones y participa en especiales de Radio y Tv, emitiéndose algunos conciertos.

La relación del conjunto con sus seguidores se ve amplificada de una manera extraordinaria con la incorporación de las redes sociales como canal de comunicación entre ambos. Incluso se realizan algunos conciertos emitidos en directo por internet, con interacción incluída vía chat con la audiencia, desde Chile hacia el resto del mundo.

En el año 2013, en Santiago se realizan los conciertos "Quilapayún en Grande", con los 11 integrantes actuales del grupo cantando juntos por primera vez. A finales de a´ño se edita un nuevo disco de estudio "Encuentros", el cual cuenta con la participación de varios artistas jóvenes de la canción; artistas como Álvaro Henríquez, Manuel García, Camila Moreno, Chancho en Piedra, Anita Tijoux, Carlos Cabezas y otros, acercando al grupo a nuevas generaciones.

A inicios de 2014 un sorpresa inesperada fue anunciada por el Facebook del grupo: se encuentra una copia del master original de la Cantata Santa María (en su versión original de 1970). Una ex-bailarina del ballet Pucará, Maritza Las Heras,re-encontró una cinta olvidada dentro de un baúl al comenzar una mudanza. Se contactó con Eduardo Carrasco y le entregó el registro. Dicha cinta fue reparada y digitalizada por Juan Pablo Carvajal (audiovisualista del grupo desde 2009), remasterizada por Jorge Fortune (sonidista del conjunto desde el 2012) y editada en CD (posteriormente re-editada en vinilo), originando una gira con la Cantata, con relatos a cargo del relator original Héctor Duvauchelle (extraídos de la copia rescatada).

Actualmente el conjunto espera la llegada de sus 50 años de historia, siguiendo como siempre creando música y realizando activamente actuaciones y giras.